完成啤酒研究的路易斯，他跨越了一个阶段，计划进行对下一个奥秘的研究。路易斯想：“啤酒和葡萄酒的病，是由于显微镜观察微生物的活动所引起的，这能不能用来解决人类和动物的疾病呢？人类和动物的一些神秘疾病，是不是也有微生物参与呢？”这是个飞跃的想象，他准备用实验予以证明。

路易斯亲身经验过失子之痛，所以对别人的痛苦抱有更大的同情心。

路易斯很遗憾自己不是医生，身为化学家的他，如果开始医学研究的话，人们会怎么想呢？想必大部分人会说：“化学家能做什么？不能相信他的话。”

当路易斯研究蚕病的时候，就遭受过很多人的恶意批评和反对。可以想象，今后的前途将是困难重重。

让他吃惊的是，他竟然被选为医学科学院的院士。这是1873年路易斯年满51岁时候的事。

路易斯真是欣喜异常，具有这样的身份，从今往后就比较容易做医学的研究了。

那时候的医学很落后，一般人认为所有的疾病，都是从人体内部发生的。没有人像路易斯这样，推测传染病是来自体外的。

医生们的诊断只是根据经验，并不以实验探究疾病的原因，所以，很多疾病都防治不了。

对于外科手术后发生的败血症这一并发症，医生们更是无从下手。手术后的伤口经常化脓，他们不知道原因。好不容易大手术成功了，患者却多因败血症死亡。

1870年至第二年的普法战争中，伤者或接受手术的患者的伤口都化脓，以致一个接着一个死亡。医生们手忙脚乱，无计可施。当战事接近尾声的时候，有一位名叫阿尔方斯·盖兰的医生猜想：“化脓产生的原因，很可能是巴斯德先生在空气中发现的微生物的孢子。”能注意到路易斯的学说，可以说是医学上的一大进步。虽然这样的人为数不多，但毕竟已经有医生想到应用路易斯的学说了。

盖兰继续研究这一问题，认为：“化脓症的病因如果是孢子的话，用衬有棉花的绷带来过滤空气，应该可以预防这种可怕的并发症。”他于1873年邀请路易斯来观察内装棉花的绷带。

路易斯当然高兴地应邀访问，并从此开始这一问题的研究。这时，英国有名的外科医生李斯特，以路易斯的学说为出发点，认为化脓症的原因是，腐败性孢子进入伤口所致，经过长期的研究，终于发明了杀菌法，兴奋之余，立刻写信给在巴黎的路易斯，报告这一喜讯：“不知您看过《英国外科医学年报》没有？如果您曾读过的话，您可能看到一篇有关新杀菌法的报告，这是经我9年的努力而完成的。我完成了相当完美的杀菌法，所依据的原理，却是您所赠予的，借此机会，向您表示由衷的谢意。如果有一天，您来到英国的话，您将能在我的医院里看到，您的研究是如何广泛地被利用着。这一事实，正是对您和您的研究表示真诚谢意的礼物。”

李斯特的杀菌法，是将所有手术时需用的东西，用1升水中含有50克石炭酸的溶液洗净。施行手术的医生的双手同样用这种溶液充分洗涤。手术中间，不断地用喷雾器喷射石炭酸溶液于伤口周围以杀死空气中的微生物。手术完毕，又用这种溶液清洗伤口，最后才用清洁的绷带包扎。

这样的话，伤口就不会化脓，死亡人数大为减少。李斯特的杀菌法极为成功，他使外科医学跨越了一大步，但他认为应该归功于路易斯的学说，所以来信道谢。路易斯当然深感欣慰。

路易斯有关微生物的研究，对于酿造业、养蚕业以及医学方面具有极大的贡献。